在古人的心目中，祭祀孔子的孔庙是极神圣的地方。同安孔庙是厦门地区唯一的孔庙，它的右侧有两座祠堂，一座是北宋著名科学家苏颂祠，另一座是明代理学名宦林希元祠。
明成化十七年（1481年），林希元出生于同安县（今翔安区新店镇垵山社区山头村），少时名峦，字茂贞，号次崖。林希元少时家贫，读书较晚，但从小胸有青云之志。他35岁（正德十一年，1516年）方中举人，越年中进士，授南京大理寺评事，不久被擢升为大理寺丞。
明朝大理寺和刑部的职责有相似之处，都是审理案件的机构，不同的是，重大案件包括皇亲国戚高官显贵的案件归大理寺审理。林希元为官公正，执法如山，有“铁汉”之称。御史谭鲁犯案，林希元予以追究，谭鲁先是央求林希元同乡史梧到林家说情，被驳回后，又找到了大理寺卿陈琳，陈琳竟答应了。陈琳是林希元的顶头上司，对其恩威兼施，然而林希元不为所动，坚持原则，仍不允。陈琳恼羞成怒，以“抗拒堂官”之名弹劾林希元，林希元竟因此被贬为泗州判官。被贬的滋味不好受，他的诗《闻谪判泗州》云：“本以疏狂为国忧，翻从迁谪赴南州。万钟于我知无益，三尺如人岂不羞？”心情不好，但上任后仍兢兢业业。
当时，江北饥荒，“啸聚至九百余人”，他主持赈灾，悉心赈济，独身往谕，解散啸聚之众，同时还撰写了《荒政丛言》，细陈救荒之二难、六急、三权、六禁、三戒，条分缕析，有理有据，所列的政策、措施、方法可操作性强，是我国古代救荒史重要文献。
嘉靖九年（1530年），林希元官复原职，再任南京大理寺丞，后因与权臣夏言意见相左，被贬为钦州知州。
钦州位于今广西南部，其时地广人稀，十分荒芜。据地方志载，林希元“始入州境，陆行三日，始抵州城，见平原旷野，一目望洋，高可种黍，下可种稻，皆为荒土，成田者，十仅一二”。因此上任伊始，他首劝农功，实行屯田。屯田有汉代的方法，也有东晋的方法，还有唐朝的方法，林希元学贯古今，又不拘一格，他根据实际情况分别采用不同的屯田方法。他委派有经验的老农负责其事，劝农老人正职为田正，副职为田副，每乡正副各一，专管教民耕织，课督农事。他改变钦州单种水稻习俗，推广多种农作物，由此府可实仓廪之粟，民可解冻馁之苦。
林希元在钦州还创建社学。他认为“昔先王治天下，为之农桑、衣食以养其民，又设庠序、学校以教之。盖饱食、暖衣、逸居，无教则近于禽兽。”他创建十八社学，每学拨公田二十亩作为办学经费，并“作规条，选名师，俾司教训以兴民于孝悌，颁学政经说于诸生，黜浮华、崇本实，以进士于道德”，当地民风为之一变。在《钦州十八社学记》一文中，林希元不无欣喜地写道：“三月而后，教读各以弟子见，其父兄不远三四百里，襁负其子而至州。其衣裳、步履楚如也；其进退、周旋、升降、揖逊，肃如也；其讽诵、对偶、书仿，朗如也。”他还修复儒学一所，在东城城隍庙旧址改建学舍二十间，捐俸金十两助公费，编纂《钦州志》，为后世存史。
都说“为官一任，造福一方”，林希元不但造福一方，有时还“多管闲事”。他任大理寺丞时，有一年春天回乡，到大嶝岛探望舅舅。船到大嶝码头，前来迎他的都是些年轻人。舅舅说，岛上人深受台风、风沙、大水之害，寿命都很短，能活到30岁便是乡里“老人”了。林希元当夜难眠，翌日，天刚露鱼肚白，他便到海边察看，发现岸边草木不生，海风长驱直入。眺望西北县城同安，发现九条溪水如白蛇直涌大嶝。他告诉乡民，这是“蛇害”，必须用“蜈蚣”治。“蜈蚣”何来？种黄连木。于是，乡民们踊跃到海边种黄连木。林希元自己也不闲着，带头栽种。黄连木抗风性强，成片的黄连木成了防风林带。风沙少了，老百姓少受些苦。至今，在大嶝岛田墘西北角海边，古防风林带犹存。那是林希元心中有民，为民造福的丰碑。
林希元为官，以廉著称。
在泗州任判官时，林希元积劳成疾，归籍养病，竟无房可居，只得寄居在丈母娘家，“延宾无所，当道之见过者相接无常处，咸讶焉”。后因族亲争夺林家埭田反目，林希元只好在家乡狮山清水岩边建一斗室，自名“艮斋”，并自撰对联云：“斗室只容妻与我，寸心不愧天地人”，横批为“师承程朱”。
此时，他本想自建居所，却因囊中羞涩而一筹莫展。别人想替他通关节，他马上拒绝：“平生不以私干官府，故至于此。今虽失职，岂可改节？”林希元素来公私分明，岂能因为自己养病乡中、无钱建房，而改变自己一贯清廉的志节呢。后来，经过一番周折，他买到天兴寺荒废后的一块地，这是他中举之前办私塾的旧址。不过，买到了地，房子兴建仍遥遥无期，用他自己的话说：“得地之初，欲营居室而归囊方罄，无所藉手。”
我们且看他是如何筹款的：郡守聘他作《家谱》，得银二十两；诸姻家曾汝修、邵宜荣等五人各助银十两；诸乡绅捐囊借助五两、十两、二十两不等；帮助永春编纂邑志，得银二百两；向长泰王氏借银三十两。他所筹到的款项，不过能“草创”而已，“门庭、渠路、井灶之类，尚未及也”。林希元自建居所，前后历二十余年，尚有一百余两缺口。由于工期拖得太长，以前建好的要继续维护修缮，而债主亦责怪其旧债未还。林希元在《凤山得地记》里这样写道：“嗟乎！予登第三十一年，居官二十一年，一第之营至二十三年而未就。东涂西抹、左支右吾，而予之心亦良苦，其力亦劳矣。恐后世子孙不知予得地之巧，成室之难。故备其本末记之，以示后人，使知克勤克俭，固守而多勿失焉。”
嘉靖二十年（1541年）冬，林希元罢官归乡。从其诗作中，我们分明能看到林希元返乡后清苦拮据的生活——
确守官箴也分然，独怜无计庇吾先。
百年香火颓垣下，转使人将不孝传。
年年买谷度余生，虚忝乡邦薄宦名。
要做人间好男子，宁辞家计晚凋零。
功名三十六经霜，饥饱惟随岁歉丰。
在野三农终失望，阖门百口已凄惶。
富家喜粜十年粟，寒舍计亏八月粮。
似此谋生真绝倒，旁人休说短和长。
林希元清廉，是因为胸中有杆秤，常怀羞耻之心。有羞耻之心，是为人的首要。孟子曰：“人不可以无耻”，还说：“羞恶之心，义之端也”，荀子也说：“人不知羞耻，乃不能成人！”
我国现存的古代衙署，如内乡县衙、霍州署衙、密县县衙和平遥县衙，其仪门内壁上皆有这样一句官箴——“吏不畏吾严而畏吾廉，民不服吾能而服吾公。公则民不敢慢，廉则吏不能欺。公生明，廉生威”。在古代，林希元可谓是践履这箴言的一位典范。
林希元61岁回同安后，专心“立言”，著书立说，废寝忘食，手不释卷，直到85岁辞世。他著述颇丰，除《新政八要》《荒政丛言》《王政附言》等外，还有《易经存疑》《四书存疑》等理学著作。他呈献“两疑”于朝廷，礼部刊印发行，四海学者奉为圭臬。同朝蔡献臣作序的《林次崖先生文集》共十八卷，流传至今。嘉靖四十五年（1567年），林希元辞世。蔡献臣评价他“学而大儒，入而名卿，出而良吏，殁而言立”。清代人雷鋐说：“吾闽恪守程朱……今得次崖文集读之，益知其用力格致之功，真所谓众物之表里精粗无不到者也。”
文章开头提到的林希元祠，始建于明万历四十二年（1614年），有记载的重修有两次，分别是清嘉庆十八年（1816年）和民国十五年（1926年），小修多次。其原始状态保存较好，保留原有不大的格局和许多明清建筑构件：硬山顶洗尽铅华，不事雕饰，犹如林希元清廉俭朴的一生，而翘起的燕尾脊，又似显示林希元的凌空之志。林希元是海内外宗亲崇敬的先贤，林氏后裔目前是台湾第二大姓，2001年林希元祠被厦门市人民政府公布为第一批涉台文物古迹。（陈志铭）