元代监政官“达鲁花赤”的信物
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元明清三朝，中央王朝以坚决的态度消灭了云南地方割据政权，将全国统一的政治制度推行到滇。云南从元朝开始，彻底结束了长期分裂独立的历史。与此同时，有鉴于云南少数民族众多、言语隔阂、经济落后等实际情况，中央王朝又在云南普遍建立了“以夷治夷”的土司制度。这时，云南出现了以中央王朝主控监察为主体的多重、严密的监察制度。同时，科举制度的推行，使云南越来越多的士人得以“射策入仕”，加入全国统一的政治活动，从而产生了不少风清气正的监察官吏。
元朝在云南设立“行中书省”，简称“行省”或“省”。它是全国统一的地方第一级行政机构。行省之下的少数民族和边远地区，则委任当地民族头领为“土官”，开始实行土司制度。同时，又将皇族宗室分封到滇，协助镇守和监控云南。从而形成省、土司和封王三重政治、军事体系，互相监督和制约。此外，元朝还在包括云南在内的各路、府、州、县行政机关以及诸多重要部门设有“达鲁花赤”一官，本义是镇守者、制裁者、掌印者。有如近现代的中央特派员，负责监督各级地方官和某些行业主管官。
元代中央主控监察机关仍为御史台，长官为“御史大夫”，从一品大员。地方设“行御史台”，作为中央御史台的派出机关。全国分为22道监察区，各区先后设立“提刑按察司”和“肃政廉访司”，常驻地方，监察各道所属地方官吏。
至元二十年（1283），云南设立“肃政廉访司”，长官为廉访使二员，副使二员等。至元二十四年（1287）撤销。至元二十年（1283）三月，云南设立提刑按察司，主管刑狱和监察。次年（1284）春，当云南等地的按察官向元世祖忽必烈辞行赴任时，忽必烈语重心长地告诫他们说：“诸位到了那里，要把朝廷的政策明确地宣示到那里。切莫贪图财物。有了好名声，财物也会随之而来。反之，如果私下只追求财物，就必然会丢掉自己的名声，甚至连性命也难保了！”至元二十七年（1290），设立“云南诸路行御史台”，与云南按察司合署办公。台官共四员，称监察御史，“每岁巡历州县，纠察官吏，询求民瘼”。次年（1291），改“提刑按察司”为“肃政廉访司”，和流动的监察御史共同肩负着云南的监察工作。
明清中央主控监察机关改称都察院，“主纠察内外百官之司”。都察院设左、右都御史、副都御史和佥都御史。下设若干“道”监察御史，负责地方监察。言谏方面，在中央吏、礼、户、兵、刑、工六部分设都给事中1人，左、右都给事中各1人，给事中若干人，坐部办公，史称“六科给事中”。六科给事中与各道监察御史合称“科道”。科道官虽然官秩不高，但他们直接受命于皇帝，有独立行使纠举、弹劾之权。因此，对科道官的选用和处罚也十分严格。如明朝规定“凡御史犯罪加三等，有赃从重论”。各省除设立民政、军政机构外，还设立提刑按察司，专掌刑狱和监督。下辖若干“分巡道”，定期派员监察州县的经济和治安工作。人们习惯把按察司称为“廉访”和“臬司”，称按察使为“臬台”。 因为“臬”有“准绳”“尺规”之意，希望他们都是“正绳正矩”的好官。巡抚、总督最初是皇帝派出的临时和流动的监察大员，后来才演变为一省地方大员。此外，明朝地方还驻有宗室和军功封王、镇守太监等，他们也具有监视地方行政的特权。
洪武十五年（1382），云南首先设立“布政司”和“都指挥司”两大民政和军政机构。洪武二十九年（1396）设立提刑按察司，置按察使1员，副使2员，佥事4员。他们“总理宪纲之事，兼任分巡察举之责”。“按察司”最初在昆明县衙内办公。
经成化二年（1466）和六年（1470）两次修建，规模不断扩大，地址在昆明市庆云街。衙内除了办公、居室外，还建有关押罪犯的监狱等。据载，当时选为云南按察官者，多为“清廉直谅，德望老成”者，他们在云南“励风俗，平冤滞，踣邪佞，奖俊贤”，使云南“法令明肃，政化大行，合境无事，民以晏然”“使一方之人晓然知恶之不可为，法之不可犯”。尽管词语难免有所夸张，但也较为真实地反映了这一制度建立的重要性和影响。
明中央向云南派出“巡抚”，始于永乐二年（1404），在昆明崇正门内建立巡抚衙门。随着地方社会秩序好转，曾一度召回巡抚。成化十八年（1482），再派都御使程宗巡抚云南。成化二十年（1484），重修巡抚衙门，其主要厅堂题为“正己”和“宁边”，强调了云南监察官必须以身作则和安定边疆的宗旨！a同时，巡抚程宗也奉命留在云南。清朝的巡抚已变为各省主管民政的地方大员，但提刑按察司却一直保持它原有的职责。晚清云南按察司正门左右两边，高悬着两块粉底黑边的木牌，一块大书“惩治贪官污吏”；一块大书“处理冤枉军民”，宣示着反腐倡廉，为民请命的决心！
土司制是汉唐“羁縻”政治的继承和发展。元明清三朝，在行省一级和靠内地区坚决实行和中原一致的政治制度，派流官管制。同时，在少数民族聚居和边远地区则实行土司制。在行省与州县之间设立“宣慰司”，其下设“宣抚司”“安抚司”“长官司”等等，委任当地少数民族首领世袭为官，史称“土流兼治”“参用土人”“以土酋为官”。据有关专家统计，明代云南共有“宣慰司”等土司332家。清代各类土司共计1779名。土司首领是“朝廷命官”，必须接受朝廷的监控，必须负责本属的朝贡和纳赋。但在其管辖范围，又具有至高无上的权力。土司按本民族的习惯法治理民众，考量和监察官吏。
首先，云南各级土官必须得到朝廷颁发的诰敕、印章、符节等正式文件，方可任职或迁升。土司世袭一般在血亲和婚姻系统内进行，也必须得到朝廷的认可。中央政府对土司的政治素质有一定的要求。如，明朝规定，土司如有相互仇杀、残害军民、不遵法令、越省嫁娶、勾结外夷者，则不准承袭为官。清朝进一步对土司袭职做出了严格规定。如袭职者必须年满15岁，必须“亲身赴京”接受承袭仪式；犯罪土司的亲子不得承袭。晚清，还特别重视承袭土司文化知识的培养和考核。
其次，在职土司必须接受国家监察制度的管制，只是不同朝代处罚的宽严不同。
如，元朝规定，土司“宜从本俗权职以行”，“诸内郡官仕云南者，有罪依常律。土官有罪，罚而不废”，只要不是反叛朝廷的重罪，只处罚该土司本人，不影响其亲属承袭，甚至对知罪悔过的土司也不追究。如，元朝延祐元年（1314）下诏：“湖广、云南边境诸蛮，相互仇杀，掳掠人口。如能悔过自新，即与免罪。”明清两朝对土司的监察和处罚趋严。如，清朝所有土司都和流官一样必须接受监察，除了“反叛必诛”外，对仇杀伤害、掳掠人财、害人谋官、包庇坏人等违法乱纪的土司，也要视其罪行大小，分别处以死刑、充军、降职、革职等。土司在其辖地“临民领土”，拥有军队，形同西周封王。其下属官吏由土司自己委任。一般设有师爷1~2人，往往为有文化的汉人，负责办理文案、交际等事。还设有管家、老总、差头、侍卫等，负责管理财产、军队、民众等事务。还设有负责宗教、文化活动的神职人员等。土司对其官吏的考核和监察没有成文法规，更多依靠传自祖先的习惯法、宗教法以及主管土司的好恶和感觉等。例如，凉山彝族土司中设有“德古”一职，负责调解民事纠纷和刑事案件。他们通晓习惯法，能言善辩。当地民众要求他们断案公正，使人心服口服。但是，他们并不享有终身“德古”之任。“只要有一次断案不公，就算是自动免职。无人再请他了。”
总之，元明清三朝，从中央到云南各少数民族地区形成了更加严密、相互重叠、具有民族特色的监察网络。