在充分发挥自身积极性、主动性、创造性基础上，要注重把握和处理好四种关系，努力形成系统集成、协调高效的派驻监督体制机制。
1.派驻机构监督责任与驻在单位党组（党委）主体责任的关系。一是根本目标一致。主体责任和监督责任的目的都是推动全面从严治党和党风廉政建设，监督责任是监督推动主体责任的落实，两者从根本上来说是一致的，不是对立关系，监督责任履行好了是给主体责任加分而不是减分。对此，派驻机构和驻在单位党组（党委）都要有正确认识。二是职责分工不同。党组（党委）履行主体责任是对驻在单位全面从严治党和党风廉政建设负总责，全面领导和抓好各项工作，并自觉接受派驻机构的监督。派驻机构根据派出机关授权，履行全面从严治党监督责任，履行监督执纪问责和监督调查处置职责，工作的着力点在于推动驻在单位各级党组织落实主体责任，不能包办代替党组（党委）应尽的责任，不承担驻在单位党组（党委）履行主体责任的日常工作。三是二者应同向发力。落实主体责任是落实监督责任的基础，主体责任履行好了可以为履行监督责任创造良好的条件，落实监督责任是落实主体责任的保障，监督责任履行好了可以推动和促进主体责任的全面落实。只有主体责任、监督责任协调配合、同频共振、一起努力，才能推动全面从严治党向纵深发展，营造风清气正的政治生态。
2.派驻机构与驻在单位内设纪检机构的关系。一是指导督促驻在单位内设纪检机构履职尽责。根据中央纪委国家监委有关规定，对驻在单位内设纪检机构提出的处分意见进行把关。可要求驻在单位内设纪检机构每半年报告一次工作，每年听取一次主要负责人述职，对履职不力的主要负责人开展约谈。制定问题线索督办工作规定，认真督办问题线索。二是支持驻在单位内设纪检机构执纪审查工作。针对驻在单位内设纪检机构普遍存在查办案件经验少、审查调查能力不强、相关保障不充分的客观实际，通过线索分析、案件指导、协助查询、审理咨询、组织培训、抽调锻炼、协调相关部门支持等方式，指导其做好监督执纪工作。三是驻在单位内设纪检机构协助配合派驻机构工作。开展处分决定执行情况监督检查、受处分党员干部回访教育等工作，组织驻在单位全系统内设纪检机构共同开展，压实内设纪检机构责任。
3.派驻机构与派出机关相关部门的关系。派出机关相关部门根据职能职责，加强对派驻机构的指导、联系、服务和保障。
一是监督检查部门协助分管领导联系派驻机构日常工作：指导督促派驻机构履行职责；对派驻机构请示报告的问题、事项进行审核把关；对派出机关交办的重要案件、事项进行督促办理；办理派驻机构提请支持、协调的重要事项；向派驻机构通报驻在单位领导班子及其成员、驻在单位上级党委管理的其他人员的一般性问题和谈话提醒、批评教育、责令检查、诫勉谈话等情况；联系开展其他工作。二是派出机关相关部门会同派驻机构联合开展以下监督工作：开展专项检查，推动驻在单位落实党中央决策部署；研判驻在单位政治生态，有针对性地开展监督；开展专题调查研究，查找分析利用公共权力和资源设租寻租、离职后违规从业等行业性、系统性廉洁风险，向驻在单位提出意见建议或者督促开展专项治理；支持配合派出机关同级党委巡视巡察机构开展工作，对整改情况进行监督；推动驻在单位落实纪检监察建议；其他需要联合开展的监督工作。三是派出机关监督检查部门、审查调查部门对于派驻机构管辖的重大、复杂案件，经批准可以直接办理或者组织、指挥办理。四是派出机关相关部门指导、协调派驻机构与地方纪律检查委员会监察委员会协作开展工作。五是派出机关相关部门组织、指导各派驻机构之间协作配合开展工作。
4.派驻机构与地方纪委监委的关系。在派出机关相关部门的指导、协调下，派驻机构与地方纪委监委可协作开展以下工作：协同开展专项检查、专项监督，推动解决有关系统和领域的突出问题；协作采取监督检查、审查调查措施；协商确定驻在单位党员、干部以及监察对象涉嫌违纪和职务违法、职务犯罪案件的管辖，或者由派驻机构报请派出机关指定有关地方纪委监委管辖；联合审查调查驻在单位党员、干部以及监察对象涉嫌违纪和职务违法、职务犯罪案件；其他需要协作开展的工作。开展审查调查工作，有时需要地方纪委监委协助查询、调取、联系相关单位；地方纪委监委有时也需要通过纪检监察组协调驻在单位。开展联合审查调查，由于派驻机构没有留置场所，人员力量有限，所以调查职务犯罪案件一般都要联合地方纪委监委共同开展审查调查工作，使用地方纪委监委的留置场所；或将涉嫌职务犯罪的问题线索移交地方纪委监委，由其开展监察调查，由派驻机构开展纪律审查。具体做法有两种：一种是由派驻机构牵头开展审查调查工作，地方纪委监委抽调人员予以支持，协助采取有关审查调查措施，共同完成纪律审查和监察调查工作。另一种是由派驻机构负责纪律审查，地方监委负责监察调查，重要案件由派驻机构派工作组协助地方监委开展监察调查，两个单位既分工又协作，一体推进审查调查工作。审查调查工作中，涉及驻在单位所属单位的调查取证一般由派驻机构人员牵头负责，地方纪委监委同志牵头负责涉及地方单位的调查取证，充分发挥各自优势，以提高审查调查效率和质量。