挪用公款罪侵害的法益是公共财物的使用收益权，贪污罪侵害的法益是公共财物的所有权，二者的主要区别在于行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。
《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》明确规定：“挪用公款数额较大不退还的，以贪污论处。”最高人民法院、最高人民检察院《关于执行〈关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定〉若干问题的解答》规定：“不退还，既包括主观上不想还的，也包括客观上不能还的。不退还，使被挪用的这部分公款遭到不可弥补的损失，这种行为应‘以贪污论处’，定为贪污罪。”
判断挪用公款是否转化为贪污，不能只凭行为人客观上不能退还公款就简单定性为贪污，而应当按照主客观相一致的原则，通盘考虑客观行为、行为人经济状况、公款风险状态及收益处置等因素，综合分析判断，而非简单以行为人供述的个人意图为定案根据。从行为人的客观行为来看，如果行为人有部分归还款项的行为或者切合实际的计划，则更能体现其挪用的意图；如果行为人采取平账、销账等掩饰隐瞒证据的行为，则更能体现其非法占有的目的。