自2019年以来，云南建投集团党委认真梳理巡视巡察发现的存在普遍性、倾向性、突出性的问题，在集团范围内深入开展自查自纠，形成了项目“以包代管”、备用金清理管理、内部工程款拖欠清收、农民工工资支付、高速公路管理等五类问题清单，持续开展“五类专项整治”，注重在病根上下药，在整改上动真格，在措施上出硬招，推动巡察整改提质增效，切实做实巡察整改“后半篇文章”。
开展项目“以包代管”专项整治。印发《“以包代管”专项检查存在问题及整改要求》，以“全面清理、从严整治、发现一起、整治一起、杜绝‘以包代管’行为”为工作总目标，要求所属二级单位主要领导亲自负责，直面问题，深挖根源，坚决清理“以包代管”。经过专项整治，招投标、合同签订、结算管理、付款管理、材料管理五方面问题综合整改率达87%，并已纳入企业年度资产经营责任主要考核内容。
开展农民工工资支付专项整治。严格按照国家、省市和各级政府农民工实名制及工资支付的管理规定，制定《云南建投集团关于贯彻落实农民工实名制及工资支付管理实施细则》，从招投标、工资保证金等方面入手，开发农民工实名制管理系统，实现农民工考勤人脸识别、保险到人、工资到卡，成为全国首个建筑施工企业全链路劳务管理数字平台。
开展内部工程款拖欠清收专项整治。成立内部清欠专项治理领导小组，制定工作方案，分解目标，落实责任，内外部结算两手抓，建立内部清欠工作长效管理机制。截至2020年底，协调解决集团物流公司、混凝土公司等单位工程款清收，有效解决内部拖欠问题，降低集团资产负债率。
开展备用金清理专项整治。下发《关于依法依规抓好个人借款整改落实的通知》《关于进一步加强个人借支款管理的暂行办法》，要求所属单位严格按“前账不清、后账不借”的原则对备用金、个人借支款加强管理。同时指导督促集团所属二级单位结合实际，研究制定现金管理办法、内部控制制度、财务管理制度、差旅费管理制度等一系列规范性制度，从制度源头加强防范。
开展高速公路管理专项整治。集团党委对集团投资建设的高速公路项目，全面清理和解决工程管理中存在的问题和短板，对在建高速公路生产、质量管理突出问题开展专项治理，全力破解当前高速公路生产、质量管理重难点问题，提升管理水平和责任意识。截至2020年12月，6条“能通全通”高速公路顺利通车，建成通车里程448.94公里，中老高速万万段提前13个月通车，15条高速公路顺利开工，确保了云南省重大基础设施项目、民生工程的全面推进。