为进一步加强问题线索管理和处置，普洱市纪委多举并取，有效促进了线索管理制度化、规范化、科学化，形成了标准严格、处置及时、程序规范的问题线索管理机制。
完善线索集中统一管理制度。对反映同级党委管理干部的问题线索由案件监督管理室集中管理。信访室收到的反映同级党委管理的干部问题线索，提出拟办意见报经分管信访工作的领导审批后交案件监督管理室，案件监督管理室根据职责分工，逐一登记、分办到各纪检监察室和干部监督室。办案、巡视发现的线索以及司法、审计部门移送的线索，统一由案件监督管理室签收，提出拟办意见报经分管案件监督管理室的领导批准后逐一分办。案件监督管理室牵头建立反映领导干部问题线索信息管理数据库，由各纪检监察室、干部监督室每月书面报告线索办理情况，案件监督管理室及时更新管理台账，随时掌握办理动态，在每月底汇总办理进展情况报纪检监察机关负责人审阅，同时，将其中信访举报件涉及反映领导干部问题线索的处置和办理情况送信访室参阅。
建立“日清、周转、月报、季结”的线索管理制度。“日清”：信访室、案件监督管理室建立工作台账，对收到的问题线索在当日内进行认真登记、完整记录，提出分办建议报分管领导，纪检监察室、干部监督室每天清理工作进展情况。“周转”：信访室每周将涉及领导干部问题线索的信访举报件转案件监督管理室，案件监督管理室每周向纪检监察室、干部监督室分办一次问题线索。“月报”：纪检监察室、干部监督室每月将线索办理情况书面送案件监督管理室汇总后，向书记办公会报告一次问题线索办理进展情况；对新收到的线索按照中央纪委规定的五类处置方式和标准，经集体排查后提出处置建议经分管领导审核后提交书记办公会审定。“季结”：纪检监察室、干部监督室在规定时限内完成立案、初核、谈话函询等办理工作，并在每季度内办结“清零”，特殊情况在规定时限内无法完成的，按程序报批后适当延期；坚持每季度清理排查一次问题线索，及时进行分类处置，做到动态“清零”。纪检监察机关的其他部门涉及问题线索办理工作时，也按照上述程序和制度开展工作。
建立定期提交纪律审查情况报告制度。全市各级纪检监察机关定期对线索管理、处置情况进行汇总分析，加强动态监管，充分发挥线索在纪律审查中的重要作用。按照干部管理权限，实行分级负责，包括信访举报件，在办案、巡视等工作中发现，司法、审计部门移送以及上级机关或领导批示交办的问题线索。并做到纪委主要领导要亲自抓、负总责，专题研究部署；分管领导要具体负责，组织纪检监察室、案件监督管理室、信访室逐一对账，彻底清理，不留死角，做到数字清、情况明、分类准、工作实。