党的十四大后，在建立社会主义市场经济体制的新的实践中，我国反腐败机构得到进一步强化，党风廉政建设和反腐败的战略地位、工作格局进一步明确，法制化、制度化的程度进一步提高，初步建立起与社会主义市场经济规则相适应的领导干部廉洁从政行为规范。1993年，中央纪委、监察部合署办公，实行一套工作机构，履行党的纪律检查和行政监察两项职能。这是党中央为反对腐败，加强党风廉政建设形成合力而采取的重大措施；在新中国反腐倡廉史上具有里程碑意义。
党的十六大以来，党内外反腐制度日渐完善，初步建设起一个从源头防腐到查办重大案件的宏大反腐格局。2003年，《中国共产党党内监督条例（试行）》制定出台。该《条例》是中国共产党建党82周年、执政54年来制定的第一部党内监督条例。同时出台的《中国共产党纪律处分条例》则对党员的知情权、参与权、选择权、监督权和对党员权利的保障措施等各项权利做了更加规范、完善的规定。
2004年4月，中共中央正式决定：中央纪委、监察部将全面实行对派驻机构的统一管理，将派驻机构由中央纪委、监察部和驻在部门双重领导改为由中央纪委、监察部直接领导。2007年9月，中国国家级预防腐败的专门机构——国家预防腐败局正式成立。2007年，党的十七大正式把巡视制度载入党章。
根据党中央精神，1993年上半年，云南省各级行政监察机关与党的各级纪检机关开始合署办公。合署后的机构设置为：办公厅、干部室、宣传教育室、监察综合室、政策法规研究室、信访室、执法监察室、案件审理室、纪检监察一室、纪检监察二室、纪检监察三室、纪检监察四室、党风廉政建设室（省政府纠风办）。
合署办公后实行同一个机构履行党的纪检和行政监察两种职能，在省纪委、监察厅内增设“综合监察室”，以便向省政府报告和反映监察工作状况，但继续实行由所在地政府和上级监察机关领导的双重领导体制。合署办公加强了党的纪检工作，强化了行政监察职能，这在一定程度上有利于整合有限资源、形成监察合力，增加监督力度、提高工作效率；有利于强化党的纪检和政府行政监察职能；也有利于国务院和各级政府继续加强对行政监察工作的指导，反腐倡廉走进了全新的时代。从1993年至2011年，云南各级纪检、监察部门，先后制定并实施了以下制度：
一、“法治政府”四项制度：《云南省省属企业国有资产处置审批制度》《云南省重大资源开发利用项目审批制度》《云南省重大投资项目审批和核准制度》《云南省省级财政追加预算支出审批制度》；
二、“责任政府”四项制度：《行政问责制》《首问责任制》《服务承诺制》《限时办结制》；
三、“阳光政府”四项制度：《重大决策听证制度》《重要事项公示制度》《重点工作通报制度》《政务信息查询制度》；
四、“效能政府”四项制度：《行政绩效管理制度》《行政成本控制制度》《行政行为监督制度》《行政能力提升制度》。
云南省第九次党代会以来，省纪委、监察厅整合监察、审计、稽查、督查等力量，对全省加快水利改革发展、保障性住房建设、耕地保护、规范节约用地、环境保护和污染减排等政策落实情况开展专项检查；加强对中央和云南省关于加强和改善宏
观调控、做好“三农”工作、经济结构调整、应对金融危机、市场价格调控、房地产调控、保障和改善民生、安全生产、优化产业发展等重大决策部署政策执行情况的监督检查，及时纠正和查处了一批违规违纪问题。
——紧紧围绕扩大内需促进经济增长政策措施的落实，及时提出“抓机遇、化危机，抓支出、促增收，抓投资、促消费，抓监督、促落实”的工作要求，配合中央检查组完成了5轮检查，抽查项目4773个，整改问题997个。严肃查处少数单位挤占挪用
项目资金等行为，确保了中央“三个百分之百”要求的落实。
——加强对抗灾救灾、救灾资金物资管理使用和灾后恢复重建的监督检查，查处和纠正违规违纪问题62起，涉及资金231.92万元。组织协调有关地方和部门抓好楚雄州姚安县“7·09”地震恢复重建统建房质量问题整改工作，维护和保障了灾区群众
利益。
——强化对昆明新机场等重点工程建设的监督检查，促进了政府重大投资项目廉洁、高效实施。加强对中央第五次西藏工作座谈会精神、维护民族团结和社会稳定决策部署贯彻落实情况的监督检查，严格执行党的政治纪律和民族宗教政策，维护了全
省民族团结、宗教和睦、边疆安宁、社会稳定的良好局面。
云南省加快转变经济发展方式监督检查工作进展顺利。围绕政策落实、资金管理和项目实施三个关键环节，突出“十二五”规划实施、管理通胀预期、加快水利改革发展、保障性安居工程建设、产业振兴和科技计划项目实施、节能减排和环境保护、耕地保护和节约用地七个方面的重点，共开展监督检查5000余次，发现问题3355个，纠正问题2556个，提出监察建议和工作建议1568项。
云南加快建设面向西南开放重要桥头堡，是党中央、国务院审时度势做出的重大战略部署，是云南发展最大、最好的历史性机遇。紧紧抓住机遇，做足、做好、做实、做深、做透桥头堡建设这篇文章，推动全省经济社会又好又快发展，是云南省纪
检监察机关强化大局意识、围绕中心服务大局的具体行动。
云南省积极向中央纪委监察部汇报和争取支持桥头堡建设的意见；围绕桥头堡建设涉及的重点领域、重点部门、重点项目，认真研究和落实监督检查措施，着力预防和坚决惩治顶风违纪行为，督促各地各部门在严格依法依规办事的同时，充分运用中央给予的政策支持和环境条件，用好用足各项政策，提高建设质量和效率，促进桥头堡建设顺利实施。
2012年，为把桥头堡建设重大政策措施落实情况作为监督检查的首要任务，由省纪委、省监察厅领导班子成员带队，组成16个检查组，分两个阶段对全省桥头堡建设政策措施落实情况做监督检查。在监督检查过程中，各检查组认真检查了各地各部门在桥头堡建设发展思路、重大举措、部署工作、制定规划、明确政策导向等方面是否全面贯彻落实了省第九次党代会各项决策部署，重点监督检查重大项目实施进展情况和解决群众反映强烈问题的情况。检查组既严格监督，务求实效，督促各地各部门抓紧重大项目的实施进度，同时又坚持以改革创新的精神开展监督检查工作，进一步推动反腐倡廉制度和实践创新，努力形成崇尚创新精神、支持创新实践、奖励创新成果、宽容创新失误的政策导向。