从1957年“反右”运动到十年“文革”，全国监察制度和工作发生了一系列前所 未有的变化。包括云南在内的纪检监察工作，也在挫折、调整、摧残、复苏的曲折历史中，艰难地徘徊前行。
1959年4月，国务院提请全国人大撤销监察部。同年7月，云南省人民委员会监 察厅也被撤销，监察机关工作人员由各级组织部门重新安排。国家行政监察部门被撤销，使行政监察工作受到严重削弱，本来已趋健全的国家行政监察体制也因此残缺不全。这给后来全国以及云南的法制、纪检和廉政建设带来了诸多不利的影响。
1960年，为了纠正“左”倾错误，调整国民经济，党中央发出《关于农村人民公社当前政策问题的紧急指示信》《关于彻底纠正“五风”问 题对省市自治区党委的指示》等文件。要求坚决要求坚决纠正共产风、浮夸风、命令风、干部特殊风、生产瞎指挥风以及公社化以来的错误。1961年，党中央在八届九中全会上通过了“调整、巩固、充实、提高”的经济发展方针。同时，为甄别平反“反右”以来各类运动中受到错误处分的党员干部，1962年又发出了《关于加速进行党员、干部甄别工作的通知》。
1962年1~4月，云南省纪委遵照中央精神，对1957~1961年的错案、被错误处分的干部或党员进行甄别纠正。定期发布《甄别工作汇报材料》和《监察工作简报》等。应当说，纪检监察工作又稍稍回到了正确的轨道上。至1963年3月，云南省的甄别工作基本结束，甄别结果为：原处分、批判正确和基本正确的38351人，占12.75%；原处分、批判错误和基本错误的102129人，占63.4%。此次甄别活动基本扭转乱批、乱斗、乱撤职现象，调动了党员、干部的积极性，增强了团结，加强了党的领导。
1963年至1965年，云南省纪委根据中央指示和部署，先后开展了“五反”和“四清”运动，揭露出贪污盗窃、投机倒把者17400多人，其他严重错误者22672人，混入干部队伍中的“地富反坏”分子和不可救药的变质分子46人。当然，由于始终强调“以阶级斗争为纲”，运动中也同时出现了不少伤害无辜干部和群众的情况。而“四清”运动尚未结束，全国又很快陷入了十年“文革”，纪检制度和工作遭到了空前的破坏。
云南的十年“文革”，是从1966年5月7日省委成立“文化革命小组”开始。1967年1月，昆明地区的两大“造反派”分别夺取了中共云南省委和云南省人民委员会的党政权力。是年3月，中央批准成立省“军管会”，全面接管中共云南省委和云南省人民委员会的工作。4月21日，中共云南省委常委、副省长、省监委原书记刘林元同志被迫害致死。1968年8月，云南省“革命委员会”成立，宣布：原中共云南省委和云南省人民委员会全部撤销，停止工作，参加“斗、批、改”。
省委监察委员会与其他党政机关一样，被“造反派”夺权，监察干部队伍遭受摧残，纪检监察制度和工作受到严重的破坏，蒙受了巨大的损失。就全省而言，由于失去了正常的纪检监察，一是制造了大量的冤假错案，不计其数的干部、群众被迫害致死。二是所谓“政治边防”严重破坏了边疆稳定，造成继“大跃进”后的第二次边民外逃，在国内外造成了很坏的政治影响。三是包括经济、科技、教育、文化、卫生在内的整个社会主义建设事业遭到全面破坏。直到1976年粉碎“四人帮”，十年“文革”才基本结束。经过十年“文革”，云南积累了许多严重的政治问题和社会问题，在重建和恢复党组织、国民经济建设、统一战线、科教文卫等方面，百废待兴，有许多迫切的工作要做。但由于当时受“两个凡是”错误思想的影响，1977、1978年两年间，云南与全国其他省区一样，各项工作虽然有所进展，但是，纪检工作总体上也受到严重的阻挠，依然处于徘徊的状态中。
1977年8月，党的第十一次全国代表大会在北京举行。大会通过《关于修改党的章程的报告》，正式提出恢复党的纪律检查机关。经过修改的《党章》规定：党的中央委员会，地方县和县以上、军队团和团级以上各级党的委员会，都设立“纪律检查委员会”。各级纪律检查委员会由同级党的委员会产生，并在同级党委的领导下，加强对党员的纪律教育，负责检查党员和党员干部执行纪律的情况，同各种违反党的纪律的行为做斗争。
1978年8月，中共云南省委批准成立党的各级纪律检查委员会；省委组织部下发《关于建立各级党的纪律检查委员会的报告》。《报告》指出：为适应新时期总任务的要求，县以上各级党委和相当于县以上的企事业单位党委，都要按照新《党章》的规定，抓紧把党的“纪律检查委员会”或党的“纪律检查组”建立起来。《报告》还对党的纪律检查委员会或党的纪律检查组的任务、选拔干部的条件、机构设置和人员配备等提出了具体意见。
中共云南省委于1978年9月正式批准成立“云南省委纪律检查委员会”。在省委的批复中，同意省委组织部的《请示报告》；同意省委纪律检查委员会在召开省的党代会时正式选举产生；同意省委纪委设一室三处、暂定编制45人。1978年11月，省委批准了省委纪律检查委员会组成人员名单。省委纪律检查委员会由代理副书记王文玉、刘鑫、贾敦芳三位同志为委员，周力、张文轩、毛崇横、曹理周、贺长文五位同志任兼职委员。
省纪委成立后，迅速开始投入工作。1978年11月在昆明召开工作座谈会。会议认真学习了新《党章》和中央、省委有关纪检监察的文件精神，着重讨论了纪律检查委员会的任务和当前的工作。会议认为各级纪律检查委员会当前要做好的五项工作是：
一、以揭批查“四人帮”为纲，加强党的纪律教育。
二、检查党员和干部执行纪律的情况，同各种违反党的纪律的行为做斗争。
三、处理好第十一次路线斗争中的案件。
四、做好“文革”中受害党员的平反和落实政策工作。
五、做好“文革”之前旧案的申诉处理工作。
会议强调，党的纪律检查部门当前的首要任务，就是针对十年“文革”给云南带来的种种倒行逆施，从纪检监察的角度，拨乱反正。要落实中央“思想再解放一点，胆子再大一点，办法再多一点，步子再快一点”的指示，迅速把党的纪律检查工作抓上去。
云南和全国一样，“文革”前，党的纪检工作有效地纯洁了党的队伍和组织，保证了党组织的凝聚力和战斗力，促进了党的各项事业顺利发展，巩固了党的执政地位。但由于没有把制度建设作为根本性、全局性的问题来对待，尤其是1959年行政监察机关被撤销。在“文革”期间，纪检、监察工作被一系列“运动”所代替，纪检制度被践踏，乃至被废除，给党和国家的建设带来巨大的负面影响。直到1978年9月，新的“云南省纪委”成立后，全省纪检制度建设 和工作才开始快步走出了徘徊不前的局面。