近年来，随着反腐败斗争的不断深入，各地纪检监察机关使用“两规”“两指”措施的案件数量不断增加，实践证明，“两规”“两指”措施是突破大案要案的重要手段，对于反腐败斗争顺利开展具有重要的意义。同时也应看到，各地纪检监察机关在使用这一措施的过程中，也存在着一些问题需要引起高度注意和亟需予以解决。
一是有些地方纪检监察机关把采取“两规”“两指”作为纪律审查的“首选项”和“必须选”，存在办案手段比较单一，对采取“两规”“两指”措施有些“任性”。在思想上和方式上过分依赖，一旦遇到案件不易推进就想到使用“两规”“两指”措施，把它当作“万能钥匙”，导致时机尚未成熟就使用这一措施，同时也存在抱着调查对象发展到违法程度才使用“两规”“两指”措施的现象。
二是在“两规”“两指”措施使用条件上，由于纪检机关案件工作条例和行政监察法有关“两规”“两指”只有原则性规定，没有实施细则，有些地方存在滥用“两规”“两指”措施的现象，从各地对外通报接受组织调查的人员情况看，各地对大案要案的标准、使用对象、使用条件、使用时机理解不一，上到省部级领导干部，下到乡村教师、乡镇办事员、农村普通党员都有被采取“两规”“两指”的现象。
三是个别地方检察机关掌握了一些党员干部违法犯罪的重要线索，但是由于检察机关办案人员在规定时间内难以突破案件，就把调查对象直接移送给纪检监察机关查办，借纪检监察机关“两规”“两指”措施来突破案件，或者采取检察机关与纪检监察机关“联合”办案的方法来推进案件,反映了现阶段反腐败制度的缺陷以及我国检察机关法律制度的不健全，也违背了纪检机关不是党内“公检法”的精神。
四是有些地方纪检监察机关在采用“两规”“两指”措施过程中，有存在着以办理大案要案论英雄的现象，在组织纪律审查时候对涉嫌违纪违法党员干部违反政治纪律、组织纪律、财经纪律、生活作风等问题不感兴趣、不够重视，抱着抓大放小的思想，总是热衷于审查那些数额大的违法犯罪问题，从思想根源上存在通过纪律审查把调查对象送上法庭为目标的现象。
五是从各地对外通报的情况看，纪检监察系统内目标考核方面，存在“审查对象职务高、收缴违纪款数额多、办理“两规”“两指”案件数量多并移交司法机关人数多”等考核指标所占分值权重大的现象。导致有些地方热衷查办本地区有影响力的案件，坚持以违法作为切入口进行纪律审查，纪律和法律不分，抱着把案件所有违纪违法事实都查清楚再处理、再移送的做法，这些问题偏离了党章赋予纪委的职责。
六是有些地方纪检监察机关在实施“两规”“两指”措施过程中，运用“人海战”、“时间战”、“久拖战”等纪律审查方式，存在着审查节奏慢、办案周期长等现象，在审查时间上少则一两月，多则半年，不计代价，一味地求全、求多、求细，追求完美主义，牵涉了大量的人力和精力，同时导致审查对象思想波动不断加大，增加了风险隐患，甚至发生安全事故，加大了管理成本，影响了工作效率。(于 杰)