落实党委主体责任，是推进反腐败体制机制改革和制度创新的重要内容，是抓好党风廉政建设和反腐败工作的“牛鼻子”。《关于实行党风廉政建设责任制的规定》颁布实施以来，玉溪市各级党委通过分解责任目标、强化检查考核、鼓励工作创新等措施，推动党委主体责任的落实，促进了党风廉政建设和反腐败工作深入开展。
抓好责任分解。按照“权责清晰、任务明确、规范有序”的思路，拓宽责任范围，加强督促检查，建立了“横向到边、纵向到底”的责任体系。市委每年召开党风廉政建设大会，通报上年度党风廉政建设责任制考评情况。市委书记与县区党委和市直单位签订党风廉政建设责任书。及时研究下发党风建设、反腐倡廉等工作分工意见，明确牵头单位、协办单位及职责任务。定期不定期召开协调会，进行情况通报和调研督导，逐步建立权责统一、任务明确、分工协作的推动机制。各级党委按照市委、市政府的要求，细化责任内容，制定有针对性的责任条款，认真抓好责任分解事项的落实。通过抓好责任分解，进一步明确“谁来抓”、“抓什么”、 “实现什么目标”等问题。
强化制度建设。坚持把中央和省委的要求与玉溪实际结合起来，不断完善工作部署、任务分解、检查考核等环节的具体要求，研究制定《党风廉政建设责任制考核办法》，建立与责任相匹配的考核指标体系。各级党委坚持一年一度的党风廉政建设责任制工作报告制度，对照考核办法和任务分工，在进行自查总结的基础上，向上级党委、纪委报告党风廉政建设工作情况。制定实施《领导干部述廉制度》、《领导干部问责办法》、《清理和拆除违规建筑问责实施办法》、《查处违法用地和违法建设责任追究暂行办法》、《国家公职人员违反殡葬管理法规政策问责规定》等系列规定，促进党风廉政建设责任制得到有效落实。
注重改革创新。研究制定《党风廉政建设创新项目评审暂行办法》，促进创新项目评审程序化、规范化、透明化。全面推行廉政风险防控管理，深化对关键岗位和重点环节行政行为的监督，确定关键岗位1599个，重点环节2006个，制定监督防范措施4402条。推行“制度+科技”预防腐败经验，建成行政审批电子监察系统和市级公共资源交易中心，对政务服务和公共资源交易实施全程监控和动态监管。建立农村集体“三资”网络监管平台，成立“三资”委托代理服务中心。建立《廉政约谈制度》，对抓党风廉政建设不力的单位主要负责人进行约谈。对县管干部任免实行全委会票决制，增强选人用人工作透明度。建立兼职纪检监察员和联络员制度，保证纪检监察力量延伸到最基层。
严格实施奖惩。坚持年度考核情况通报和奖励制度，对考核为优秀的县区和单位进行表彰奖励，对考核为不合格、基本合格的进行通报批评，取消评先评优资格，对主要领导进行诫勉谈话，并责令作出书面检查，督促进行整改。突出重点任务，在考核办法中增设创新项目加分，引入市委领导班子评价和社会评价机制，把责任考核纳入全市综合目标考核，使考核更具全面性、针对性和实效性。加大问责工作力度，2013年至今年上半年，全市实施问责110件247人。