《公务员法》第五十七条规定，“处分决定机关认为对公务员应当给予处分的，应当在规定的期限内，按照管理权限和规定的程序作出处分决定”。因该规定过于概括，在给予公务员处分时，一些问题不好把握。
（一）监察机关对仅担任党内职务的行政机关领导成员公务员给予撤职或开除处分时，是否需要报请本级政府批准
仅担任行政机关党组（党委）成员、纪委书记、纪检组长或政治部主任等党内职务的公务员，根据《行政监察法》第二条规定，属于同级监察机关的监察对象，监察机关有权对他们进行调查和处理。根据《党政领导干部选拔任用工作条例》第三十五条、第四十四条规定，上述人员由本级党委直接作出任免决定，不需要向本级政府提名、由本级政府任免。
据上所述，根据《行政监察法》第二十四条“作出监察决定或者提出监察建议的，应当按照国家有关人事管理权限和处理程序的规定办理”的规定，拟给予上述人员撤职或开除处分的，监察机关应当向本级党委提出处分意见，经本级党委批准后，由监察机关下达监察决定；拟给予降级以下处分的，由监察机关直接作出监察决定，报本级党委备案。也就是说，给予上述人员处分，不需要报请本级政府批准。
值得注意的是，关于不设区的市、县、自治县公安局根据工作需要设置的主管政治工作的政治委员，以及各级公安机关政治部（处）主任等职务，有的地方是作为党内职务由党委直接任免的，而有的地方是由党委向政府提名由政府任免的，故在处理时应根据其任免程序，相应决定是否需要报请本级人民政府批准或备案。
（二）已被判处刑罚的公务员向法院或检察院提出申诉的，是否需要待受理申诉的法院或检察院作出驳回申诉或不予抗诉决定后，再追究其政纪责任
公务员受到刑事处罚，特别是被判处有期徒刑宣告缓刑、拘役、管制或单处附加刑的，个别地方或部门以罪犯不服已经生效的判决、裁定向法院或检察院提出申诉为由，既不及时对其作出开除处分决定，又不执行中央组织部、人力资源和社会保障部、监察部、国家公务员局《关于公务员被采取强制措施和受行政刑事处罚工资待遇处理有关问题的通知》“公务员受到刑事处罚，处分决定机关尚未作出开除处分决定的，从人民法院判决生效之日起，取消原工资待遇”的规定，更有甚者还突击为其办理退休手续，意图帮助其逃避追究。
根据《公务员法》和《行政机关公务员处分条例》第十七条第二款规定，上述做法是错误的，应予以严肃纠正；对处分决定机关未及时作出开除处分决定的，应严格执行《关于公务员被采取强制措施和受行政刑事处罚工资待遇处理有关问题的通知》的规定，从法院判决生效之日起，取消被判刑公务员的原工资待遇。
（三）对部门与地方双重管理的领导成员公务员违纪问题，协管方有无处分权限
根据《党政领导干部选拔任用工作条例》和中央组织部《关于干部双重管理工作若干问题的通知》的规定，对部门与地方双重管理的领导成员公务员，由主管方承担惩戒职责，因此协管方一般无处分权限。
值得注意的是，根据最高人民法院《人民法院监察工作条例》第三十三条规定，以及最高人民检察院《人民检察院监察工作条例》第六十一条、第六十二条规定，审判机关、检察机关作为其下级机关领导成员公务员的干部协管方，对下级机关领导成员公务员违纪问题具有处分权限；根据国务院《关于做好省级以下国土资源管理体制改革有关问题的通知》和全国人大常委会法工委《关于省级以下国土资源部门正职领导人的任免的法律询问答复意见》以及《行政监察法》第十六条规定，实行上级主管部门管理为主、地方协助管理双重管理体制的市、县国土资源主管部门领导成员公务员，属于同级监察机关的监察对象，同级监察机关和作为干部主管方的上级主管部门对其均有处分权限。