在纪律检查机关调查贪污违纪案件过程中，违纪款的去向对于违纪行为定性的影响一直是一个存在争议的问题。对此通常有两种对立的观点：第一种观点认为违纪款去向不影响贪污违纪行为的成立；第二种观点认为应当查明违纪款的去向，违纪款去向不明，贪污违纪行为不能成立。笔者同意第一种观点。
第二种观点是错误的。首先，这一观点是对贪污违纪行为主观方面违纪动机因素的混淆。
从贪污违纪行为的法律属性看，贪污违纪行为主观上是直接故意，过失不构成贪污违纪行为。贪污违纪行为的主观方面，是指违纪行为主体对自己行为及其危害结果所抱的心理态度，它包括违纪故意、违纪的目的和动机这几种因素。违纪的故意是违纪构成必须具备的主观要件，违纪的目的只是某些违纪构成所必备的主观要件，也称之为选择性主观要件，违纪动机不是违纪构成必备的主观要件，违纪动机与违纪目的同属于违纪人的主观状态。违纪动机是推动违纪行为人实施某一违纪行为的内心起因，他一般不影响违纪定性，而影响量纪，是量纪时应考虑的情节。不论违纪行为人实施贪污行为的动机是赌博挥霍，也不论主观动机是为公还是为私，都不影响违纪的构成。只要有证据证明行为人有非法占有的主观故意即可。以违纪款去向必须调查清楚作为违纪和非违纪的界限，实质上是对贪污违纪行为主观方面违纪动机因素的非正确解读。
其次，第二种观点把贪污违纪行为中的“非法占有”错误解读为“非法占为己有”。
《中国共产党纪律处分条例》第八十三条规定，“贪污违纪行为是指党和国家工作人员或者受委托管理、经营国有财产的人员中的共产党员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。”从中可以看出，贪污违纪行为所要求的主观故意，仅是对财务的非法占有，而不是非法占为己有。“非法占为己有”是指行为人将违纪款非法实际占有、支配和处分，侧重的是所有权的改变。而“非法占有”是把违纪款非法脱离单位的实际控制而处于他人的控制之下，强调的是占有的改变，是他人实际控制。行为人以贪污手段非法将违纪款脱离单位的实际控制，就反映出主观上已经具有非法占有的故意，违纪款即便是用于公务开销，不能抵消事先非法占有的主观故意，不能抵消现实的法律责任。
2003年最高人民法院《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》规定：“关于贪污犯罪（一）贪污罪既遂与未遂的认定：贪污罪是一种以非法占有为目的的财产性职务犯罪，与盗窃、诈骗、抢夺等侵犯财产罪一样，应当以行为人是否实际控制财物作为区分贪污罪既遂与未遂的标准。对于行为人利用职务上的便利，实施了虚假平账等贪污行为，但公共财物尚未实际转移，或者尚未被行为人控制就被查获的，应当认定为贪污未遂。行为人控制公共财物后，是否将财物据为己有，不影响贪污既遂的认定。”上述规定明确了贪污既遂的司法认定标准。
笔者认为，在我们实际违纪案件调查过程中，根据2003年最高人民法院《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》的规定，只要违纪款脱离了单位控制，处于行为人控制状态，就认为非法占有的目的已经实现，即构成贪污违纪行为既遂。行为人对违纪款控制后，是否将违纪款据为己有，不影响贪污违纪行为既遂的认定，只作为量纪情节给予考量。